海关进口增值税专用缴款书抵扣操作流程：

　　一、实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。

　　二、由于海关传递海关缴款书数据时限一般在缴款成功后10-25个工作日，我公司需先在电子口岸确认抵扣经营单位，客户先不要急上传海关缴款书。（最好在缴款书日期后25个工作日之后才上传比对）。

　　三、纳税人应按要求完整规范采集海关缴款书   海关缴款书号码在通关系统中共有22位，可抵扣的海关缴款书号码第20位必须是“L”。纳税人在采集海关缴款书时号码应完整规范录入，其中：数字、字母、符号以半角录入；大写英文字母“L”在内的22位号码必须填写完整；其中“—”不能以“/”代替；英文字母“L”一律为大写；通关系统开具的海关缴款书号码上行打印的括号和四位日期不属于缴款书号码，不应录入；开票日期应录入票面填发日期；如企业取得同一号码多张海关缴款书，税额应按末张海关缴款书最后一栏合计数录入。

　　四、纳税人可自行通过

第一，   根据国家税务总局的规定，目前仅在河北省、河南省、广东省和深圳市对海 关进口增值税专用缴款书试行“先比对后抵扣”管理办法，杭州市增值税一般纳税人取得的 海关进口增值税专用缴款书，抵扣期限内可以自行在网上申报平台申报抵扣。

第二，   纳税人取得2010 年1 月1 日以后开具的海关进口增值税专用缴款书，应在开具之 日起180 日后的第一个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。

第三，   海关进口增值税专用缴款书的抵扣不需要进行认证，而是通过软件采集后在网上 填报增值税纳税申报表时，作为附件报送。

具体的操作方法如下：

（一）登录VPDN 网上申报平台进入软件下载模块，下载“通用税务数据采集软件”。安 装后首次使用的，输入企业的相关信息后进入操作界面，选择需要采集的发票种类，点击“新 增报表”后根据提示输入缴款书上的相关数据，如缴款书开具日期、代码（位于缴款书的右 上角）、进口口岸代码（为缴款书代码的前四位）、金额等信息，录入完成后点击保存，然后 点击“数据申报”，将申报文件按照指定的路径进行导出，导出后会生成两个XML 文件；

（二）网上申报时点击进入“海关凭证抵扣”附表，将通用税务数据采集软件生成的文 件进行上载，上载成功后进入“附表二”查看，附表二第5 栏“海关进口增值税专用缴款书” 中会显示相应的缴款书的份数、金额、税额等信息。相应的税额会计入“申报抵扣的进项税额”进行抵扣。

税务部门给出的流程

http://www.chinatax.gov.cn/n810351/n2038842/c2084899/content.html